Chính quyền của Tshabalala-Msimang là Bộ trưởng Bộ Y tế đã gây tranh cãi, vì sự miễn cưỡng của bà trong việc áp dụng một kế hoạch của khu vực công để điều trị AIDS bằng thuốc kháng retrovirus (ARV). Manto Tshabalala-Msimang được gọi là Tiến sĩ Beetroot vì đã thúc đẩy lợi ích của củ cải đường, tỏi, chanh và khoai tây châu Phi cũng như dinh dưỡng tốt, đồng thời đề cập đến độc tính có thể có của thuốc chữa bệnh AIDS.[3] Bà được nhìn nhận rộng rãi theo chính sách phòng chống AIDS theo ý tưởng của Tổng thống Nam Phi Thabo Mbeki, người trong một thời gian đã bày tỏ công khai nghi ngờ về việc liệu HIV có gây ra AIDS hay không.